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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出非常广泛的生物制品几丁质酶，包扩抗肿癌和抗病力毒功效。一般是，三萜是采用甲羟戊酸方式聚合的，并从天然水草本植物和病菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述开题报告。该论述显示三萜类氧化物虫草酸（GA）是采用全自动塑造培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物制品被转化出现的。依据转录组和淀粉酶质组学系统进一次探索世界无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT出现这两种野生灵芝粉酸（GA）的新机制，并按照其几组学系统测试到的差别表观遗传和差别淀粉酶，得出DHT 动物制品分解 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和性能总类

实现对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体实行转录组测序共赢得67230个转录本和14299个单人类dna组。在以下单人类dna组中，49多个被判定为对比展示人类dna组（DEGs），中间213个展示调涨，279个展示变动（图1A）。GO含有解析后，DEGs分为生物技术阶段（BP）、癌细胞系因素（CC）和碳原子性能（MF）3类。在BP行业类型中，显现了前三子行业类型：四环素工业制硝酸分解新陈基础产生率阶段，醋酸钠盐分解新陈基础产生率阶段和甲酸盐分解新陈基础产生率阶段;而在CC行业类型中，癌细胞系外区、突触塑料体、突触机构是前三亚类。而言MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活性酶氧酶类、氧化反应保存酶活性酶氧酶类和酸氨（或酰胺）对接酶活性酶氧酶类是前三亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG数字信号数字信号径路解析中，前30条含有度最好的数字信号数字信号径路含有27条都是分解新陈基础产生率，中间甲烷气体分解新陈基础产生率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解新陈基础产生率、丙酸盐分解新陈基础产生率数字信号数字信号数字信号径路偏态含有（图1D）。

图1|转录混合物析和基本功能总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体开始蛋清质组学大数据分享，共分判定了16,457种特有肽、2606种蛋清质和2588种一定量蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选经济条件下，于这2606种蛋清质中，94种被认定为差别展现蛋清（DEPs），这里面52种上涨，42种下降（图2A），图2C显现了差别展现蛋清的聚类分享法大数据分享热图。从GO大数据分享一起来看，BP种类显现，基本都数DEPs参于醋酸钠盐葡萄糖腐蚀历程、抗生素类葡萄糖腐蚀葡萄糖腐蚀历程和肿瘤药物葡萄糖腐蚀葡萄糖腐蚀历程。CC类DEPs在神经组织组织膜外区、过腐蚀物酶体和微体中总额至高，腐蚀备份酶催化灵活性和甲酸脱氢酶（NAD）催化灵活性在MF类中DEPs的配比至高（图2B）。与转录组结果显示信息类似，KEGG通道大数据分享显现，越来越多DEPs在葡萄糖腐蚀中含有，这里面3条最含有的路经是光合动物中的碳稳定、碳葡萄糖腐蚀和MAPK信息通道（图2D）。与此同时，完成大数据分享GO大sql语句的CC对DEPs开始亚神经组织组织膜确定大数据分享和标注（图2E），DEPs一般区域在神经组织组织膜质（40.66%）、神经组织组织膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs动物自动合成的一般所在位置。

图2|蛋清质组的酶联免疫法进行分析和技能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转变和剖析组侯选DEGs和DEPs自制了维恩图，有20个距离传达dna遗传（图3A）。对转录组和核球蛋白酶质含量含量组中E组和C组共要的DEGs/DEPs采取聚类分折分折，挖掘mRNA和核球蛋白酶质含量含量两者之間有16个上涨dna遗传和6个下跌dna遗传，DEGs各自译成的DEPs传达标准呈正对应，通过Pearson的对应标准值分折，在转录组和核球蛋白酶质含量含量组两者之間测试到相对的较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验结论显现，E组和C组13个DEGs的表示的水平异同相关性，在当中9个为上浮DEGs，二个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示浪潮与转录混合物析结论相一致。

图3|核营养物质组的酶联免疫法研究和特点安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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