在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探索结局

1、从光敏训练体细胞中去除DNA交连球蛋白

考虑到脱离光热塑蛋清质-DNA和好物用以LC-MS研究，诗人开发建设一个多种转性纯化策划方案，可从DNA中去否则热塑蛋清质，仅在照光时实现间接基因遗传组接受生物富集DNA热塑蛋清质。用TRIZOL截取染料质并清除落网获的非热塑蛋清，那么将其重拾溶解性以做RNase化解系统。实现多普勒彩超截段所述蛋清质热塑DNA的截取物，在硫氰酸胍中烧开转性，并在二硫化硅离心法柱上猛烈干洗以去否则热塑蛋清质一直到完全。实现核酸酶治理 从DNA中脱离光热塑蛋清，并做胰蛋清酶化解系统用以LC-MS研究。该的方法名称为蛋清质热塑DNA截取或XDNAX。

图1.膳食纤维质热塑DNA提现或XDNAX步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上接触性DNA的淀粉酶质图谱

将光交连步骤拜谱生物于MCF7生殖癌细胞，出现 了1,805种得票率血清，至少1,191种留存于3个或越来越多次多次中。60%的DNA共同的作用组中带核酸融合的GO标注，在没有核酸融合标注的血清质中，极限的荣誉奖来源核纤层血清，次之是参予复染质组识和生殖癌细胞分裂主义的血清质（图2）。

图2 . 可会直接接触的面积 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人总结了DNA双方效用组所蕴含的淀粉酶质-DNA程序界面及收录的核苷酸交连肽。这包含主要是因为（1）球状DNA组合架构域、（2）DNA 组合起居不规律区（IDR）和（3）主要是因为与许多淀粉酶质（列举组淀粉酶组合淀粉酶）、RNA（列举剪接因素）或相离心分离区室（列举核仁淀粉酶）双方效用而使得的情况靠近。

图3 . 可随便接触的面积 DNA的架构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量癌细胞扰动当天与DNA融入的转录指数公式

雌荷尔蒙肾上腺素受体α（ESR1）驻留到胞质溶胶中，等到找到其配体，开启易位到肿瘤细胞系系核，在处它与什么是基因组中的相应地方结合实际以激活开通相应的转录子程序。将血清饥饿的MCF7肿瘤细胞系系裸漏于高标准容量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模仿治疗的非常肿瘤细胞系系非常他们的DNA充分的功效组（图4A）。在这其中，雌荷尔蒙有趣后DNA充分的功效组中的ESR1加剧了30倍（图4B）。总的当今社会，在1,814个酶联免疫法的蛋清质-DNA充分的功效中，约有9%现示出不超2倍的重要不同，并观察动物到与ESR1体现了充分的功效的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌刺激素解决乳腺纤维癌内部 DNA 主动效用组的参考值较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

钻研进到表观遗传组组的血清质以明白它是怎样被调用并付诸实践教学的，总是是教育科研的人员一名长期的的向往。表观遗传组组可及性其主要以DNA为咨询中心的的视角采取钻研，所以，到近几年结束，固色质抑菌凝胶中的哪个血清质与DNA 有机械互相做用尚不清晰。运行零远距离光化学交联，可发觉DNA互相做用组中的绝很多人都是数血清质，XDNAX枝术将是 血清质-DNA互相做用钻研的强硬道具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白酶质组学、修饰语组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考资料论文资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.